Als een ondernemer bijvoorbeeld een vergunning aanvraagt bij een overheidsinstantie zoals een gemeente, dan doet de overheidsinstantie in sommige gevallen een eigen Bibob-onderzoek. Wanneer zij dit doen, staat in hun eigen (gemeentelijke) beleid. Op basis van het eigen Bibob-onderzoek mag de overheidsinstantie besluiten om een vergunning wel of niet te verlenen.
Als de overheidsinstantie na het eigen Bibob-onderzoek nog twijfels heeft over de integriteit van de ondernemer of diens zakelijke omgeving, dan mag de overheidsinstantie advies aanvragen bij het Landelijk Bureau Bibob (LBB). Het LBB kan uitgebreider en diepgaander onderzoek doen naar de strafbare feiten van de ondernemer en diens zakelijke omgeving. Het LBB stelt een Bibob-advies op voor de overheidsinstantie die het advies heeft aangevraagd. Met het advies kan de overheidsinstantie een beslissing nemen over de vergunning. De beslissing om de vergunning al dan niet te verlenen, is en blijft de verantwoordelijkheid van de betreffende overheidsinstantie.